Luft der Freiheit weht.，这是由校长佐敦亲自于乌尔里希·冯·胡滕众多格言中所挑选出来的，意指“让自由之风吹”。不过在一次世界大战中，此校训因国内反德情绪高涨而引来争议及怀疑，而当时学校则称此德文格言并没有获得官方承认。
==== 早期财政 ====
随著利兰·史丹福于1893年逝世，大学的运作因财政问题而变得岌岌可危。政府对史丹福房地产涉及一千五百万美元的诉讼及1893年经济恐慌，使校方面临严重的入不敷支问题。大多数的大学受托人建议暂时停止办学，直到找到解决的方法。可是，简·史丹福坚持继续大学的运作。后来，随著有关诉讼于1895年的搁置，校方定下了大学纪念假期。史丹福法律学院的一名学生乔治·E·克罗瑟斯，在1896年毕业后成为了简·史丹福的重要顾问。克罗瑟斯与他的哥哥汤玛斯（同样为史丹福校友及律师）合作找出并更正了数个大学成立条款中的法律失误，并成功游说修订加州宪法豁免史丹福教育机构的税项，这也使简·史丹福可以合法地把她所持有的股票捐给大学。
不过，简·史丹福在某些行为上被指偏心。她在1897年向受托委员会称：“所有人都有与生俱来的毛病，故在这里所接受的后天生命教育非常重要。”她其后禁止学生在艺术课上进行裸体扫描，勒令不准任何车辆在校园内行驶，及因不想损害史丹福的校园健康形象而不允许运用资金建立任何医院。在1899-1905年期间，她亦于绝大部分的教职员及自资学生均生活于贫困中的情况下，动用三百万美元建立史丹福家人纪念馆。
可是总体而言，她对大学的发展贡献良多。面对财务亏空的可能，她在1893-1905年期间亲自负责大学的行政、财政以及发展的事务。在未来的几年里，她亦为了保持学校的正常运作变卖了自己的私人珠宝财物，并在1901年把市值三千多万的资产过让给大学（这几乎是她当时所有的家产），亦于1905年逝世前夕，同意将她合共七百万遗产中的四百万给予大学。这也代表著校方前后获得史丹福夫妇合共四千万的捐助（这相当于2010年的十亿美元）。
=== 20世纪 ===
二十世纪初，史丹福因地震损毁而面临经济危机。不过，大学复修工程其后迅速进行，学校亦开始恢复元气。到了1931年，史丹福与哈佛进行了全美第一个跨校电台辩论比赛。大学各个学术部门亦于1945年二次世界大战过后，迅速发展起来。
==== 地震损毁 ====
1906年三藩市大地震对史丹福大学造成严重损毁。大学包括纪念教堂在内的大部分主要的内方建筑物，及大学主入口大闸均受到破坏。受破坏的主要是于1893-1905年利兰·史丹福到简·史丹福逝世期间所起的第二期建筑物。校方后重建并保留了部分“内方”大楼、大学艺术馆、旧化学大楼（自1986年起成为废弃建筑物，并在1989年洛马普列塔大地震再次受到破坏）及恩西纳会堂（后为本科生宿舍）。
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