世纪 90 年代肯定了石溪分校在建设一所拥有强大本科教育的研究型大学方面的成功。在第四任校长雪莉·斯特鲁姆·肯尼 (Shirley Strum Kenny) 的领导下，政府力图展示该机构的价值。肯尼负责校园范围内的改善项目，其中包括大规模的景观美化、每个宿舍楼的翻新、体育项目的持续增长、学生生活的改善、不断增加的研究支出、品牌/营销活动以及大学与私人慈善事业日益密切的联系。
20世纪90年代中期，学校开始与纽约州立大学系统保持距离，因为肯尼认为纽约州立大学的名字损害了学校的声誉。
1998年，该大学成为《美国新闻与世界报道》美国百强研究型大学之一。同年，该大学和巴特尔纪念研究所被能源部选为布鲁克海文国家实验室的联合运营商，加入了在全国运营国家实验室的精选大学群体。 2001年，入学人数达到20,000人大关，随着美国大学协会（一个致力于建立强大的研究和教育体系的北美大学组织）的邀请，政府的改进工作达到了高潮。
2002 年，耗资 2200 万美元的肯尼思·P·拉瓦勒体育场 (Kenneth P. LaValle Stadium) 落成，并由查尔斯·B·王 (Charles B. Wang) 捐赠 5000 万美元资助的大型查尔斯·B·王中心 (Charles B. Wang Center) 落成，该中心致力于亚洲和美国文化。当时，这是对纽约州立大学机构最大的私人捐赠。 2003 年，化学教授 Paul Lauterbur 因其对核磁共振的研究和发现而获得诺贝尔生理学或医学奖，核磁共振在石溪分校期间对核磁共振成像 (MRI) 的发展发挥了重要作用。 2005年，该大学通过征用权购买了校园附近的Flowerfield地产，作为开发研发园区的土地。建立法学院的计划正在进行谈判，但不久后就被取消了。
2009年，校长雪莉·斯特鲁姆·肯尼(Shirley Strum Kenny)下台，5月，塞缪尔·L·斯坦利(Samuel L. Stanley)被宣布为石溪分校第五任校长。 2000 年代末，该大学收到了历史性的慈善捐款。对冲基金资助者吉姆·西蒙斯 (Jim Simons) 多次捐赠数百万美元，包括 2006 年向石溪基金会捐赠 2500 万美元，2008 年捐赠 6000 万美元用于发展西蒙斯几何和物理中心，以及 2011 年向该大学捐赠 1.5 亿美元，具有里程碑意义。 2010年，斯坦利宣布了“Project 50 …
