于 1942 年被任命为曼哈顿计划的科学负责人。伯克利与劳伦斯伯克利国家实验室一起创立并随后成为管理另外两个实验室的合作伙伴：洛斯阿拉莫斯国家实验室 (Los Alamos National Laboratory)（1943 年）和劳伦斯利弗莫尔国家实验室（Lawrence Livermore National Laboratory）（1952 年）。
1952年，加州大学重组为半自治校园系统，每个校园指定一名校长，克拉克·科尔成为伯克利分校的第一任校长，而罗伯特·斯普劳尔继续担任加州大学校长。伯克利在 20 世纪 60 年代因其政治活动而享誉全球。 1964年，言论自由运动组织学生抵抗大学对校园政治活动的限制——最引人注目的是与民权运动相关的学生活动。
伯克利分校新校友、Campus CORE 主席杰克·温伯格 (Jack Weinberg) 在斯普劳尔广场被捕，引发了一系列由学生主导的正式抗议和公民不服从行为，最终引发了言论自由运动，该运动后来盛行，并成为学生反对美国卷入越南战争的先例。 1982年，在美国国家科学基金会的支持下，并应三位伯克利数学家陈省身、卡尔文·摩尔和伊萨多·M·辛格的要求，数学科学研究所（MSRI）在校园内成立。该研究所现在被广泛认为是合作数学研究的领先中心，每年吸引来自世界各地的数千名访问研究人员。
=== 21世纪===
在本世纪，伯克利虽然更加自由，但在政治上变得不那么活跃了。教员中民主党人与共和党人的比例为九比一，这一比例与美国学术界的普遍比例相似。学校更加注重 STEM 学科和筹款。 2007 年，能源生物科学研究所在 BP 的资助下成立，斯坦利霍尔 (Stanley Hall) 是加州定量生物科学研究所的研究机构和总部。在校友吉姆·西蒙斯 (Jim Simons) 的资助下，西蒙斯计算理论研究所于 2012 年成立。2015 年，伯克利分校及其姐妹校区加州大学旧金山分校 (UCSF) 成立了创新基因组学研究所来开发 CRISPR 基因编辑技术，2020 年，一位匿名捐助者承诺提供 2.52 亿美元来帮助资助一个新的计算和数据科学中心。 2020 财年，伯克利分校创下了筹款记录，收到了超过 10 亿美元的礼物和承诺，两年后，它打破了这一记录，筹集了超过 12 亿美元。 2024 年，伯克利针对加沙战争的抗议活动导致警方采取行动。
===争议===
各种研究伦理、人权和动物权利倡导者一直与伯克利发生冲突。美洲原住民与学校就从菲比·A·赫斯特人类学博物馆归还遗骸的问题发生争执。学生活动人士敦促该大学切断与泰森食品和百事可乐的财务联系。教员伊格纳西奥·查佩拉(Ignacio …
