2 月 13 日，大学董事会第一次会议在佐治亚州奥古斯塔举行。会议任命鲍德温为大学第一任校长。
在学校历史的前16年里，佐治亚大学仅存在于纸面上。到了新世纪，任命了一个委员会来寻找合适的土地建立校园。委员会成员 John Milledge 在奥科尼河西岸购买了 633 英亩的土地，并立即将其赠予大学。这片土地现在是佐治亚州雅典-克拉克县合并市县的一部分，当时是杰克逊县的一部分。截至 2013 年，其中 37 英亩的土地仍然是北校区的一部分。
由于鲍德温当选为美国参议院议员，学校需要一位新校长。鲍德温选择了他以前的学生兼耶鲁大学教授乔赛亚·梅格斯作为他的继任者。梅格斯成为学校的校长，也是第一位也是唯一的教授。在前往该州招收几名学生后，梅格斯于 1801 年秋天开设了这所没有任何建筑的学校。第一座仿照耶鲁大学康涅狄格礼堂的校舍于次年建成。耶鲁大学对新大学的早期影响延伸到古典课程，重点是拉丁语和希腊语。 1803年，学生们成立了一个辩论社团——德摩斯梯尼文学社。 1804 年，梅格斯迎来了第一个 9 人的毕业班。1806 年，学校第一座遗产建筑富兰克林学院（以本杰明·富兰克林的名字命名）落成。该建筑现在被称为旧学院。
在接下来的两任校长约翰·布朗（John Brown，1811-1816 年）和罗伯特·芬利（Robert Finley，1817 年）任期结束后，入学率下降，校长摩西·瓦德尔（Moses Waddel，1819-1829 年）和阿隆佐·丘奇（Alonzo Church，1829-1859 年）努力重新吸引新生。到 1859 年，学生人数已增至 100 名，大学聘用了 8 名教职人员，并开设了一所新的法学院。在此期间，大学建造了新学院大楼，随后于 1832 年建造了教堂。丘奇是佐治亚大学历史上任职时间最长的校长。 1859 年，州立法机关废除了参议院，只留下董事会作为唯一的官方管理机构。 1860 年，丘奇退休后，安德鲁·利普斯科姆 (Andrew A. Lipscomb) 被任命为新更名的财政大臣。
=== 内战时期和 19 世纪末 ===
佐治亚大学因内战于 1863 年 9 月关闭，并于 1866 年 1 月重新开放，招收了约 80 名学生，其中包括退伍军人，使用大会向前士兵提供的 300 美元奖金，根据协议，他们毕业后将留在佐治亚州担任教师。该大学通过 1862 年莫里尔法案获得了额外资金，该法案用于在全国范围内创建赠地学院。 …
