1939 年 6 月 4 日落成，并于 1939 年 9 月 20 日星期三正式开放。该建筑是美国校园内第一座配备空调的大学建筑。
新校区启用一年后，该大学已有 2,000 多名学生。随着第二次世界大战的临近，由于征兵和入伍，入学人数减少。该大学是 V-12 海军学院培训计划中选定培训无线电技术人员的六所学院之一。到 1943 年秋天，夏威夷大学只有大约 1,100 名普通学生；因此，大约 300 名军人为维持工程学院的师资和设施做出了贡献。夏威夷大学的这种培训一直持续到 1945 年 3 月，共有 4,178 名学生。
1945 年 3 月 12 日，参议院第 207 号法案签署成为法律，将休斯顿大学从 HISD 控制权移交给董事会。 1945 年，这所大学变得过于庞大和复杂，休斯顿学校董事会无法管理，成为一所私立大学。
1947 年 3 月，董事会授权在大学设立法学院。 1949 年，M.D. 安德森基金会向休斯顿大学捐赠 150 万美元，用于在校园内建造一座专用图书馆大楼。到 1950 年，夏威夷大学的教育工厂已由 12 栋永久性建筑组成。入学人数超过 14,000 人，全职教师超过 300 人。大学广播电台 KUHF 于 11 月签约。到 1951 年，休斯敦大学已成为德克萨斯州第二大大学。
===州立大学===
1953 年，在联邦通信委员会长达四年的电视许可冻结结束后，该大学成立了 KUHT——全美第一家教育电视台。然而，在此期间，作为私立机构的大学面临着财务困难。学费无法弥补不断上涨的成本，反过来，学费上涨又导致入学率下降。就在那时，有人提议休斯敦大学成为一所国家资助的大学。
在以校长 A.D. Bruce 为首的休斯敦大学支持者与包括德克萨斯大学在内的州立大学势力之间进行了一场漫长的斗争后，参议院第 2 号法案于 1961 年 5 月 23 日获得通过，使该大学能够于 1963 年进入州立系统。大约从这个时期开始，休斯敦大学因其学术水平较低而被称为“美洲狮高中”，该大学利用这一优势来招募运动员。
休斯顿大学最初只招收白人和非黑人学生，但在 20 世纪 60 年代左右，作为民权运动的一部分，种族隔离被废除。一群名为“非裔美国人争取黑人解放”（AABL）的学生在那个时期主张废除种族隔离。为《休斯顿历史杂志》撰稿的夏威夷大学本科生罗宾逊·布洛克表示，由于当地企业和学生组织仍然按种族隔离，第一批黑人学生“过得很艰难”。
联邦政府向加尔维斯顿县拉马克大学捐赠了一块沿海草原。由此发展了休斯顿大学海岸中心 …
