Werner与Maximilian Neu更成为纳粹血腥暴力的牺牲品。许多狂热支持纳粹的兄弟会参与了在大学广场上发生的1933年德国焚书运动。
纳粹时期，矗立于新大学大门之上，象征智慧的雅典娜女神雕像被拆除，以象征国家社会主义的德国之鹰取而代之；新大学建筑之献词“献身于鲜活的时代精神”亦换成了“献身于德意志精神”，狂热支持纳粹的教授与学生对这一口号琅琅上口，1938年支持纳粹的军事史学家Paul Schmitthenner甚至被任命为校长。纳粹德国时期写下海德堡大学校史上最黑暗的一页。
=== 德意志联邦共和国时期 ===
二战结束时，大学已遭到极大的破坏，亟须注入新的理念与求知精神。在反对纳粹的政治家Emil Henk奔走下，经与占领德国的盟军多次协商后，海德堡大学于1945年复校，成为德国战后第一所复校的大学。在哲学家卡尔·雅斯佩斯的领导下，海德堡大学制定了新的章程，规定大学“应为真理、正义及人道主义精神奉献”。复校后第一任校长为医学教授Karl Heinrich Bauer。德意志联邦共和国于1949年成立后，大学校园大幅扩展，自然科学与部分医学科系位于诺依海姆（Neuenheimer Feld）的新校区，而人文、社会科学院系则仍然保有位于老城的校园。这些改革改变了迄今为止的大学结构。由创校时的四大院系（神学、法学、哲学、医学）发展，至1969年大学已拥有16个学院，学生人数持续增加，为海德堡这小城市注入青春活力。
=== 学潮时期 ===
德国的学潮影响在海德堡来得颇晚。运动先是围绕大学自治的议题。同时海德堡大学一直明确反对越战。在许多会议上还讨论了关于政治代表性的问题，例如学生会参与一般政治活动之权利与定位。部分教授及州政府、基督教民主联盟党的学生组织都大力反对这种权利，而社会主义德国学生联盟及大部分学生团体则支持这一权利。当代政治议题与学生权利在许多会议中反复辩论，最终保守派学生团体丧失在学生议会的影响力，而是由社会主义德国学生联盟及一些左倾学生社团赢得学生议会的席次。1969年，巴登-符腾堡邦教育部长Wilhelm Hahn下令，700名重装警察冲入校园逮捕12名学运领袖，并封锁教室，象征著终结全德国学运。
=== 90年代以来 ===
学运风潮平息后，海德堡大学于科研方面不断与其他研究中心及大学交流合作，在医学、神经生命科学、物理学、数学、法学与经济学等学科获得良好的声誉。
海德堡大学在海外如埃及、智利与美国马萨诸塞等地建立了分校，以拓展学校的知名度，为第一所于海外设置分校之德国大学。
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