1385 年 10 月 23 日，教皇乌尔班六世允许创建一所通识教育学院（拉丁语：studiumgenerale），之后，在莱茵河帕拉丁伯爵鲁珀特一世的要求下，于 1386 年 6 月 26 日做出了建立这所大学的最终决定。根据教皇宪章的规定，该大学以巴黎大学为蓝本，设有四个院系：哲学、神学、法学和医学。
1386 年 10 月 18 日，在 Heiliggeistkirche 举行了一场特别的教宗大弥撒，举行了大学的成立仪式。 1386 年 10 月 19 日举行了第一场讲座，使海德堡成为德国最古老的大学。 1386年11月，Inghen的马西利乌斯当选为大学第一任校长。校长印章的座右铭是“semper apertus”，即“学问之书永远是开放的”。该大学发展迅速，1390 年 3 月已有 185 名学生就读。
===中世纪晚期===
1414年至1418年间，该大学的神学和法学教授参加了康斯坦茨会议，并担任路易三世的顾问，路易三世作为皇帝代表和王国首席行政长官出席了这次会议。这为大学及其教授建立了良好的声誉。
由于马西利乌斯的影响，大学最初教授唯名论或现代主义。 1412年，大学禁止现实主义和约翰·威克利夫的教学，但后来，大约1454年，大学决定也教授现实主义或通过古董，从而引入了两种并行的方式（ambae viae）。
15 世纪末，财政大臣兼主教约翰·冯·达尔伯格 (Johann von Dalberg) 实现了从经院文化向人文文化的转变。海德堡大学的人文主义代表人物尤其是老德国人文学校的创始人鲁道夫·阿格里科拉、康拉德·塞尔特斯、雅各布·温普费林和约翰·罗伊克林。埃尼亚斯·西尔维乌斯·皮科洛米尼（Eneas Silvius Piccolomini）以沃尔姆斯教务长的身份担任该大学的校长，后来作为教皇庇护二世始终以其友谊和善意支持该大学。 1482年，教皇西克斯图斯四世通过教皇特许，允许外行和已婚男子被任命为普通医学教授。 1553年，教皇朱利叶斯三世批准向世俗教授分配教会圣职。
=== 宗教改革与现代 ===
1518年4月马丁·路德在海德堡的辩论产生了持久的影响，他的追随者大师和学者们很快成为德国西南部宗教改革的领袖。随着普法尔茨选帝侯转向改革宗信仰，普法尔茨选帝侯奥托·亨利将大学转变为加尔文主义机构。 1563年，海德堡教义问答在大学神学院成员的合作下创建。
16世纪即将过去，晚期人文主义与加尔文主义并列，成为主流思想流派。保罗·谢德 …
