2008 年 12 月 8 日，克里宣布韦斯特法尔辞职，接受巴拉克·奥巴马总统国防部过渡团队的职位。随后，克里任命自己担任教务长，同时继续担任校长。这一决定遭到了教师和大学社区其他成员的强烈批评，认为这是一种涉及潜在利益冲突的夺权行为。这被视为对学术诚信的威胁，因为教务长监督大学学术职能的角色传统上与大学校长的筹款和其他职责无关。在经历了包括学生占领大学建筑的抗议在内的一系列分歧后，克里后来任命帕森斯设计学院院长蒂姆·马歇尔 (Tim Marshall) 担任临时教务长，直至 2011 年 6 月。此后，马歇尔再次被任命担任这一职务。
2008年12月10日，新学院74名资深全职教授对新学院前校长鲍勃·克里投了不信任票。截至12月15日，该校98%的全职教职人员已投不信任票。 12 月 17 日，100 多名学生将自己困在校园的一个餐厅里，而数百名学生则在外面的街道上等待。他们认为目前的学校管理不透明且有害。他们的主要要求之一是鲍勃·克里辞职。学生们很快扩大了他们的占领区域，阻止保安和警察进入大楼。第二天凌晨 3 点，克里同意学生们的一些要求后，学生们离开了教学楼。商定的要求包括增加学习空间以及对抗议期间采取的任何行动进行特赦。他没有承认辞职。占领总共持续了30个小时。
第二年，即 2009 年 4 月 10 日，学生（主要来自新学院，但也有来自纽约其他学院的学生）重新占领了第五大道 65 号的大楼，这次占领了整座大楼约六个小时。学生们要求鲍勃·克里辞职。纽约警察局逮捕了占领者，涉事新学院学生也被停学。下个月，克里宣布他将在任期结束时完成他在大学的校长职务，并表示打算在 2011 年 6 月卸任。他于 2011 年 1 月 1 日提前一个学期辞职。8 月，董事会任命 David E. Van Zandt 博士为大学校长。
===环境可持续性===
2010 年，《普林斯顿评论》给予该大学可持续发展评级为 94 分（满分 99 分）。 2010 年，该组织还将新学院评为美国“286 所绿色学院”之一。新学校有一个由学生领导的环境和可持续发展小组，称为“更新学校”，以及致力于学校可持续发展的全职员工。该大学签署了校长气候承诺和 PlaNYC。该机构的可持续发展网站概述了未来的许多目标和项目，旨在使新学院在 2010 年大学可持续发展报告卡上获得良好的评级。在根据绿色报告卡计划提交清单的所有学院和大学中，新学院报告的碳足迹最低，每个学生总计约 …
