1939 年，西北大学在原来的彭定康体育馆举办了首届 NCAA 第一级男子篮球锦标赛，后来该体育馆与迪尔伯恩天文台一起被拆除并搬迁到更北的地方，为技术学院腾出空间。
20年代的黄金岁月过后，美国的大萧条（1929-1941）对大学的财务造成了严重影响。其年收入从 1930-31 年的 480 万美元下降到 1933-34 年的 360 万美元，下降了 25%。投资收入减少，能够支付全额学费的人越来越少，校友和慈善家的年度捐赠从 1932 年的 87 万美元下降到 1935 年的 331,000 美元。大学对所有员工进行了两次减薪，每次减薪 10%。它冻结了招聘和建设，并削减了维护、书籍和研究的拨款。该大学在 1930-31 年实现了平衡预算，但现在在接下来的四年中面临着大约 10 万美元的赤字。大多数学校的入学人数下降，其中法律和音乐专业下降幅度最大。然而，对学校教师进行国家认证的运动促使西北大学启动了新的教育研究生课程，从而引进了新学生和急需的收入。 1933 年 6 月，芝加哥大学校长罗伯特·梅纳德·哈钦斯提议将两所大学合并，预计每年节省 170 万美元。两位校长都很热情，老师们也很喜欢这个主意。然而，许多西北大学的校友对此表示反对，他们担心失去母校以及西北大学区别于芝加哥的许多传统。例如，医学院的目标是培养从业人员，校友们担心，如果它并入更加以研究为导向的芝加哥大学医学院，它就会失去使命。合并计划最终被放弃。 1935 年，Deering 家族无限制地捐赠了 600 万美元，挽救了大学预算，使 1938-39 年的预算达到了 540 万美元。这使得之前的许多支出削减得以恢复，其中包括一半的工资削减。
与其他美国大学一样，西北大学也因第二次世界大战（1939-1945）而发生了转变。常规入学人数急剧下降，但学校开设了高强度的短期项目，培训了 50,000 多名军事人员，其中包括未来的总统约翰·F·肯尼迪。事实证明，西北大学现有的 NROTC 项目对大学来说是一个福音，因为它在战争期间培训了超过 36,000 名水手，这使得西北大学被称为“中西部的安纳波利斯”。富兰克林·B·斯奈德 (Franklyn B. Snyder) 于 1939 年至 1949 年间领导这所大学，战后，在《退伍军人权利法案》下，入学人数激增。比尔推动了两个校区的急剧扩张。 1948 年，著名人类学家梅尔维尔·J·赫斯科维茨 (Melville …
