中央行政机关 ===
大学的会众（Congregation）由学校逾3700名学术及行政人员组成，成员亦包括所有的大学毕业生（此乃终生身份）。其负责商讨及正式颁发由大学评议会所草议的政策，并拥有最终的立法权力。与其他英国大学一样，虽然牛津的正式领袖是其校监（Chancellor），但此职位并不介入学校的日常事务。其只负责监察学校的行政，并由会众定期选出。真正处理学校行政事务的主领，为牛津大学的校长（Vice-chancellor）。而大学目前也有5位副校长（Pro vice-chancellors），专门负责教育、研究、学校计划及资源分配、学校发展及对外事务和人事及平等机会五大范畴的监督。大学评议会（University Council）负责政策与行政事务，成员包括校长及所有由会众所选出来的学术部门的首长，学生会则为评议会的监察者。这种的民主中央行政架构为牛津剑桥两所大学特有的体制。
另外，牛津众书院每年会轮流选出两名学监（Proctors），作为额外的巡视官。他们负责检察大学所有的成员是否按照规令行事，查看学校各个行政会议是否按照合法的程序进行，另也负责学生的秩序及福利。
牛津大学众多学术部门被归入四大学部（Divisions）内：人文学部、社会科学学部、医学部及数学、生命与物理科学部。大学的教授获称为“法定教职员”，他们决定着大学（特别是研究生）课程的发展。
牛津大学为公立研究型大学，因政府资助为其经费来源之一；但它同时也能称为私立大学，因其由独立的私立书院组成，并可以拒绝任何政府资助。
=== 书院及学堂 ===
作为牛津大学的学生或教职员，每人必定是其中一所书院或学堂的成员。这里包括39所书院（Colleges；又译“学院”）和5所永久私人学堂（Permanent Private Halls），他们负责管辖自己的学生，并有各自的组织架构及学生活动安排。不是所有的书院都取录任何主修课程的学生，不过一般所涉领域都很广。
书院包括：
永久私人学堂由不同的宗教团体创建。书院与私人学堂最大的差别，是前者由其所有成员共同管治，而后者则由创办的宗教团体管理。这些私人学堂包括：
这两类的私人机构组成牛津的书院议会（Conference of Colleges）。议会会向大学反映众书院的意见，并与中央行政机关成员磋商。此议会由弗兰克斯于1965年创立。
书院及学堂的成员常被称为“dons”，但大学本身没有采用此对有关成员的称呼。除了饭堂宿舍等设施之外，书院及学堂同时为他们的成员安排社交、文化及娱乐活动。书院有选择录取各自的本科生及分配学费的权力。对于研究生而言，此项目由学术部门负责。因各自的传统不同，书院的首领有不同的称呼，包括：“warden”、“provost”、“principal”、“president”、 “rector”、“master”及“dean”。除书院首领之外，书院（及牛津大学自身）亦往往对某些物事有自己的称呼方式。
=== 财政 ===
2011/12年度，牛津合计获得十亿零一千五百万英镑的净收入，研究资助（四亿零九百万）、教师资助（二亿零四百万）及学费（一亿七千零三百万）为主要来源。书院的总收入则为三亿六千万英镑，当中的四千七百万来自大学。
虽然大学每年收到较多的经费及资助，但各个书院拥有较高的总捐款回赠。以2011/12年度为例，大学所收到的捐款为八亿五千万英镑；相比之下，众书院的则为二十九亿。大学中央及书院的这些捐款统一由于2007年成立的牛津大学捐款管理会负责管理。
大学于2008年5月发动了名为“牛津反思 -- 牛津大学行动”（Oxford Thinking – The Campaign for the University of Oxford）的筹款活动。此活动期望能得到对于学术课程、学生资助及基建三大范畴上的支持，并于2012年3月超越了原定十亿零两千五百万英镑的目标，达到三十亿的金额。
=== 跨校联盟 ===
牛津大学是由英国著名的研究型大学组成的罗素大学集团的成员之一，同时也隶属国际研究型大学联盟、科英布拉集团、Europaeum、欧洲大学协会、G5及欧洲研究型大学联盟，并为英国其中一所“金三角名校”。
== 学术泛论 ==
=== 录取 ===
与其他英国大学一样，牛津大学透过UCAS系统招收本科生。特别注意的是报考牛津、剑桥及其他大学的医学、牙医及兽医课程的学生，需提早于每年的10月15号前完成系统登记的手续。另外，为了能有更好的个性化判断，学生不能同时报考牛津及剑桥（报读第二个本科课程的申请者例外）。大多的学生都选择申请其中一所书院，而书院之间也会互相交流，确保合资格的学生能找到最适合自己的书院，亦不会因为对某一书院的偏好而不获录取。
优先考虑的原则包括预期的公开考试结果、各类的推荐信以及即时的入学考试（适用于某些学系）及面试的成绩。每年大约有60%的申请者够资格获得优先考虑。若太多获优先考虑的申请者倾向于同一所书院，则这些学生会被重新分配至收生不足的书院，有关书院亦会为这些学生安排面试，面试轮候期间，受邀的学生会获得3天的免费食宿。一名学生可获多所书院安排面试。居住在欧洲以外的学生可透过互联网进行面试评核。
录取通知通常在圣诞节前夕、由书院寄出（2012-13学年的录取则延迟至1月）。每年大约有四分之一获录取的学生进入自己没有申请的书院。某些大学课程采用开放式录取，允许在8月高级程度考试（高考）放榜后，重新审视先前未获任何一所书院录取的学生。
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