1879 年，普林斯顿大学向 1877 届毕业生詹姆斯·F·威廉姆森 (James F. Williamson) 和威廉·利比 (William Libby) 授予了第一批博士学位。
1888年弗朗西斯·巴顿就任总统，尽管他的当选并没有得到一致的热情，但他受到了本科生的好评。巴顿的政府发生了巨大的变化，普林斯顿大学的入学人数和教职人员都增加了一倍。与此同时，学院经历了大规模的扩张，社会生活也发生了变化，反映出饮食俱乐部的兴起和人们对体育运动的兴趣日益浓厚。 1893年，荣誉制度建立，允许进行无人监考的考试。 1896年，学院正式成为大学，并因此正式更名为普林斯顿大学。 1900年，研究生院正式成立。即使取得了这些成就，巴顿政府的行政结构和教育标准仍然乏善可陈。由于董事会成员的变动以及对他的政府的不满，他被迫于 1902 年辞职。
=== 20世纪===
巴顿辞职后，校友兼受欢迎的教授伍德罗·威尔逊当选为该大学第十三任校长。注意到学术水平下降，威尔逊对课程进行了重大改变，大一和大二学生遵循统一的课程，而大三和大四则集中学习一个学科。雄心勃勃的高年级学生被允许从事独立工作，这最终塑造了普林斯顿大学对未来实践的重视。威尔逊在 1905 年引入了导师制，进一步改革了教育体系，这是当时美国独一无二的概念，它以更加个性化的形式增强了标准的讲座教学方法，在这种形式中，小组学生或导师可以在他们感兴趣的领域与单个导师或导师进行互动。这些变化带来了许多新的教师，并巩固了普林斯顿大学 20 世纪上半叶的学术水平。由于学术标准的收紧，入学人数严重下降，直到1907年。1906年，安德鲁·卡内基创建了卡内基水库，大学正式成为无宗派的大学。卸任前，威尔逊加强了科学计划，专注于“纯粹”研究，并打破了长老会对董事会的锁定。然而，他确实未能赢得对研究生院永久选址和取消饮食俱乐部的支持，他提议用四合院取代这些俱乐部，这是住宿学院系统的前身。威尔逊还继续禁止普林斯顿大学接受黑人学生。当一位有抱负的黑人学生给威尔逊写信时，他的秘书回复告诉他去一所更受欢迎的大学。
约翰·格里尔·希本 (John Grier Hibben) 于 1912 年就任总统，并在该职位上任职二十年。 1913年10月2日，普林斯顿大学研究生院落成。 1917 年美国加入第一次世界大战时，希本将所有可用的大学资源分配给政府。结果，在校园内开设了军事训练学校，实验室和其他设施被用于研究和作战项目。总共有 …
