1857 年出版了第一份学生报纸《半岛凤凰城和地名词典》。尽管取得了这些成就，塔潘 11 年的总统任期还是充满了相当大的紧张气氛。在宗教狂热高涨的时期，他对宗教的公正立场遭到强烈反对。由于摄政委员会的变动和对他的政府的不满，他被迫于1863年辞职。
1863年，埃拉斯特斯·奥蒂斯·哈文(Erastus Otis Haven)就任总统，当时他还是一名教授，需要证明自己担任总统的权利。校园内因学生、教师和校董之间对塔潘的复辟、顺势疗法危机和内战的相互冲突的观点而产生分歧。哈文政府面临日常行政困难，尽管取得了一定进展，但仍难以争取增加国家援助的支持。该大学自 1869 年以来一直获得固定的 15,000 美元资金，但仍然需要额外的资金。哈文感到沮丧，于 1869 年辞职，担任卫理公会院校西北大学的校长，宗派人士认为此举是世俗大学的一次挫折。 1869年至1871年间，校长职位一直空缺，由亨利·西蒙斯·弗里兹教授担任代理校长。在此期间，该大学筹集了大学礼堂的资金，改革了文凭制度的招生，并引入了男女同校的制度。女性于 1870 年首次入学，尽管爱丽丝·罗宾逊·博伊西·伍德 (Alice Robinson Boise Wood) 于 1866 年成为第一位入学的女性。1870 年，加布里埃尔·富兰克林·哈戈 (Gabriel Franklin Hargo) 从法学院毕业，成为美国第二位从法学院毕业的非裔美国人。 1871 年，莎拉·基尔戈尔 (Sarah Killgore) 成为美国第一位从法学院毕业并获得美国各州律师资格的女性。音乐教育的倡导者弗里兹还成立了大学音乐协会。到 1860 年代末，该大学已成为美国最大的大学之一，与剑桥的哈佛大学齐名。然而，该校仍面临着学生纪律方面的问题，包括抢课、欺凌和教堂里的吵闹行为。弗里兹将这些问题归因于缺乏集中的教师控制。
詹姆斯·伯里尔·安吉尔 (James Burrill Angell) 于 1871 年就任总统，并在该职位上任职近四十年。他的任期将被视为大学历史上最成功的任期。塔潘在 1850 年代的改革使该大学走上了成为精英大学的道路，但完成这一转变的是安吉尔。安吉尔抵达后不久，大学礼堂耗资巨资竣工。直到 20 世纪 50 年代，它仍然是大学的主要学术建筑。在担任总统期间，安格尔恢复了校园纪律，提高了入学和毕业要求，并说服立法机关增加国家援助。安吉尔的任期内增加了许多课外活动，包括校际橄榄球队。安吉尔虽然是一位改革家，但他并不是独裁者；他鼓励公开辩论，并力求在实施变革之前达成近乎一致的协议，而不是仅以微弱多数推动通过。这种方法使他能够解决校园中的棘手问题，包括长期存在的顺势疗法问题。安吉尔将课程重点转变为选修课，扩大了课程范围。这造就了许多领域的伟大思想家，从哲学领域的约翰·杜威到细菌学领域的弗雷德里克·乔治·诺维。 …
