2002 年 8 月 12 日由菲利普亲王落成启用，新的爱丁堡医学院和新的爱丁堡皇家医院都在这里落成。 2007年，校园增设了尤安·麦克唐纳中心（Euan MacDonald Center）作为运动神经元疾病研究中心，该中心由苏格兰企业家尤安·麦克唐纳（Euan MacDonald）及其父亲唐纳德（Donald）提供部分资助。 2010 年 8 月，作家 J.K. 罗琳提供 1000 万英镑资金创建安妮·罗琳再生神经病学诊所，该诊所于 2013 年 10 月正式开业。再生医学中心 (CRM) 是一个致力于开发再生疗法的干细胞研究中心，于 2012 年开业。CRM 也是与苏格兰国家输血服务 (SNBTS) 和 Roslin Cells 合作的应用科学家的所在地。
2002 年 12 月，爱丁堡 Cowgate 火灾摧毁了许多大学建筑，其中包括南桥 80 号约 3,000 平方米（32,000 平方英尺）的信息学院。它被 2008 年 7 月建成的布里斯托广场信息学论坛所取代。同样在 2002 年，爱丁堡癌症研究中心 (ECRC) 在西部综合医院旧址开业。 2007 年，MRC 人类遗传学部门与基因组与实验医学中心和 ECRC 建立合作伙伴关系，在同一地点创建遗传学和分子医学研究所（于 2021 年更名为遗传学和癌症研究所）。
2008 年 4 月，罗斯林研究所（以克隆多莉羊而闻名的动物科学研究中心）成为皇家（迪克）兽医学院的一部分。 2011年，学校搬进了复活节布什校区一座价值6000万英镑的新建筑，该建筑现在设有研究和教学设施，以及一家小动物和农场动物医院。
爱丁堡艺术学院成立于1760年，于2011年8月1日正式与该大学的艺术、文化与环境学院合并。2014年，浙江大学-爱丁堡大学联合学院（ZJE）成立，作为一所国际联合学院，提供生物医学科学学位，以英语授课。该校区位于中国浙江省海宁市，成立于2016年3月15日。
该大学于 2016 年开始主办一名维基媒体驻场人员。该驻场人员于 2019 年转变为全职职位，维基媒体人员参与爱丁堡大学维基项目范围内的教学和学习活动。
2018年，爱丁堡大学与英国和苏格兰政府、六个地方当局以及该地区所有大学和学院合作，签署了价值13亿英镑的爱丁堡和苏格兰东南部城市地区协议。该大学致力于通过数据驱动创新计划为该地区带来一系列经济效益。该协议与赫瑞瓦特大学联合创建了五个创新中心：贝叶斯中心、爱丁堡期货研究所、亚瑟研究所、复活节布什，以及位于赫瑞瓦特的另一个中心——国家机器人馆。该交易还包括创建爱丁堡国际数据设施，该设施在安全的环境中执行高速数据处理。
2020 年 9 月，该大学在布里斯托广场中心区校园完成了理查德·维尼健康中心的建设。该设施设有健康中心和药房，以及大学的残疾和咨询服务。该大学在 2020 年代最大的扩建项目是对位于 Lauriston Place 的一些历史悠久的爱丁堡皇家医院建筑进行改建，该建筑已于 2003 年腾空，部分开发为 Quartermile。这个耗资 1.2 亿英镑的项目为爱丁堡未来学院 (EFI) 创建了一个基地，该学院是一个跨学科中心，将艺术、人文和社会科学与其他学科联系起来，研究和教学复杂的、多利益相关者的社会挑战。 EFI 于 2024 年 6 月 4 日正式向公众开放。
===历史链接===
爱丁堡与其他大学有一些历史联系，主要是通过其有影响力的医学院及其毕业生，他们在世界其他地方建立和发展了机构。
哥伦比亚大学：其医学院由爱丁堡医学毕业生塞缪尔·巴德创立。
达尔豪斯大学：爱丁堡校友、新斯科舍省第 22 任副州长乔治·拉姆齐 (George Ramsay) 希望在哈利法克斯建立一所向所有人开放的非宗派学院。这所学校仿照爱丁堡大学，学生无论宗教或国籍都可以就读。
达特茅斯学院：其医学院由爱丁堡医学院校友内森·史密斯创立。
哈佛大学：其医学院由三名外科医生创立，其中之一是爱丁堡医学院的校友本杰明·沃特豪斯。
麦吉尔大学：其医学院由四位医生创立，其中包括爱丁堡校友安德鲁·费尔南多·霍姆斯和约翰·斯蒂芬森。
宾夕法尼亚大学：其医学院由爱丁堡毕业生约翰·摩根创立，他以爱丁堡医学院为蓝本。
普林斯顿大学：第六任校长、爱丁堡神学毕业生约翰·威瑟斯彭按照爱丁堡大学和其他苏格兰大学的路线对其学术课程和结构进行了改革。
悉尼大学：由爱丁堡医学院毕业生查尔斯·尼克尔森爵士于 1850 年创立。
威廉玛丽学院：美国第二古老的学院，由爱丁堡毕业生詹姆斯·布莱尔于 1693 年创立，他担任该学院的创始院长长达 50 年。
耶鲁大学：其医学院由爱丁堡医学院校友内森史密斯共同创立。
== 校园和建筑==
该大学在爱丁堡有五个主要校区：
中心区
国王的建筑
生物季
复活节布什
西部将军
该大学负责整个城市的几座重要的历史和现代建筑，包括圣塞西莉亚音乐厅，苏格兰最古老的专用音乐厅，也是不列颠群岛第二古老的音乐厅； …
