年《大学（苏格兰）法案》组成。这些法案规定了大学治理的三个主要机构：大学法院、总理事会和学术院。
====大学法庭====
大学法院是大学的管理机构和大学的法人，由校长担任主席，由校长、爱丁堡教务长和校长、校长、爱丁堡市议会、总理事会和学术院任命的评估员组成。根据 1889 年《大学（苏格兰）法案》，它是一个法人团体，具有永久继承权和法人印章。该法案通过时属于大学的所有财产均归法院所有。 1966 年《大学（苏格兰）法》进一步规定了法院目前的权力，包括管理大学的收入和财产、管理教职员工的工资以及由其成员或其他人组成的委员会的设立和组成。
==== 总理事会 ====
总理事会由毕业生、学术人员、现任和前任大学法院成员组成。它的成立是为了确保毕业生在大学管理中持续拥有发言权。理事会每年必须召开两次会议，审议影响大学福祉和繁荣的事项。 1966 年《大学（苏格兰）法》赋予理事会审议法令和决议草案、提交大学工作和活动的年度报告以及接受经审计的财务报表的权力。理事会选举大学校长和大学法院的三名评估员。
====学术参议院====
学术院是大学的最高学术机构，其核心职能是规范和监督教学，统筹规划学校的学术工作。该委员会由校长担任主席，由约 300 名学校和学院院长、系主任以及当选的教授和非专业学术人员组成；参议院还包括 30 名当选学生。参议院选举大学法院的四名评估员。元老院通常每年举行四次会议；大多数讨论文件和每次会议记录可供大学所有成员查阅。
====大学官员====
该大学最重要的三位官员是校长、校长和校长，他们的权利和责任很大程度上源自《1858 年大学（苏格兰）法》。
校长办公室是大学的名义首脑和最高办公室。他们的职责包括授予学位并提高大学在国家和全球层面的形象和声誉。校长由大学总理事会选举产生，一般终身任职。前任总理包括前首相阿瑟·贝尔福和小说家 J. M. 巴里爵士。安妮公主自 2011 年 3 月接替菲利普亲王以来一直担任这一职务。她也是该大学皇家（迪克）兽医学院的赞助人。
校长以首席执行官的身份负责大学的整体运营。校长由赞助人正式提名并由大学法院任命。他们是学术院主席和大学法院当然成员。校长还自动被任命为副校长，他们代表校长授予学位。此前的校长包括物理学家爱德华·阿普尔顿爵士和宗教哲学家斯图尔特·萨瑟兰。现任校长是肾脏病专家 Peter Mathieson 爵士，他自 2018 年 2 月起担任该职务。
校长办公室每三年由教职员工和被录取的学生选举一次。校长的主要职责是主持大学法庭。当校长缺席时，校长还主持总理事会会议。他们与学生和爱丁堡大学学生会密切合作。历任校长包括微生物学家亚历山大·弗莱明爵士、前首相温斯顿·丘吉尔爵士和大卫·劳合·乔治。现任校长是活动家兼作家西蒙·范肖 (Simon Fanshawe)，他自 2024 年 3 月起担任该职务。
=== 学院和学校 ===
2002年，该大学从九个院系重组为三个“学院”。虽然从技术上讲它不是一所大学，但它由艺术、人文和社会科学学院 (CAHSS)、科学与工程学院 (CSE) 以及医学与兽医学院 (CMVM) 组成。这些学院内有“学院”，它们要么代表一门学科，如信息学，要么汇集相邻的学科，如历史学院、古典学院和考古学学院。虽然受到大学政策的约束，但各个学校的组织和治理可能有所不同。截至2021年，该大学共有21所学院。
==== 艺术、人文和社会科学 ====
该学院于 2011 年吸收了爱丁堡艺术学院后，于 2016 年更名为艺术、人文与社会科学学院。 CAHSS 提供 280 多个本科学位课程、230 个授课型研究生课程和 200 个研究型研究生课程。学院提供的20个学科在2022年《完全大学指南》中排名全国前10名。它包括英国最古老的英语文学系，在2021年QS英语语言与文学学科排名中位列全球第七。该学院设有苏格兰 ESRC 博士培训中心 (DTC)、苏格兰社会科学研究生院。该学院是三所学院中招生人数最多的学院，拥有 26,130 名学生和 3,089 名教职员工。
==== 医学和兽医学 ====
爱丁堡医学院在整个 18 世纪和 19 世纪上半叶被广泛认为是英语世界最好的医学院，为大学的国际声誉做出了重大贡献。其毕业生在世界各地创办了医学院，其中包括七所常春藤联盟大学中的五所（哥伦比亚大学、达特茅斯大学、哈佛大学、宾夕法尼亚大学和耶鲁大学）；麦吉尔、蒙特利尔、悉尼和佛蒙特州；皇家研究生医学院（现为伦敦帝国理工学院的一部分）和伦敦女子医学院（现为伦敦大学学院的一部分）。
进入21世纪，医学院继续表现出色，与13位诺贝尔奖获得者联系在一起：其中7位诺贝尔生理学或医学奖获得者，6位诺贝尔化学奖获得者。 2021年在《泰晤士报大学指南》和《完全大学指南》中位列英国第三。 2022年被《卫报大学指南》评为英国最佳医学院，2021年《泰晤士报高等教育世界大学排名》和《QS世界大学排名》双双位列全球第21名。
皇家（迪克）兽医学院在兽医教育、研究和实践方面处于世界领先地位。 …
