B. Cobb)，他是该校区第一座建筑科布演讲厅的捐赠者；查尔斯·L·哈钦森 (Charles L. Hutchinson)，Hutchinson Commons 受托人、财务主管和捐助者；马丁·A·瑞尔森 (Martin A. Ryerson)，瑞尔森物理实验室董事会主席兼捐赠者。
威廉·雷尼·哈珀 (William Rainey Harper) 于 1891 年 7 月 1 日成为大学校长，第一批课程于 1892 年 10 月 1 日开始。哈珀提供高薪吸引高级教师，两年内教员人数达到 120 名，其中包括 8 名前大学或学院校长。本科课程分为两部分，前两年由学术学院组成，重点为高等教育做好准备，最后两年由大学学院组成，提供更高级的课程。该大学实行学季制，需要修完 36 门课程才能毕业。哈珀将与芝加哥老大学有历史联系的浸信会神学院带到了这所大学。 1891年，这成为神学院，芝加哥大学第一所研究生专业学院。哈珀是校际体育运动的支持者，他于 1892 年聘请阿莫斯·阿隆佐·斯塔格 (Amos Alonzo Stagg) 担任橄榄球队教练，并捍卫体育运动免受教员的反对。 1894年，该大学在最初选择一枝黄花后，采用栗色作为其官方颜色。同年，“马龙人”(Maroons) 成为该大学的昵称。在此期间，该大学成立了大学延伸部，提供成人夜校课程和函授课程，以及芝加哥大学出版社。
洛克菲勒在大学成立后继续为大学做出了重大贡献。哈珀为教师研究项目提供资金、扩建校园和支持大学倡议的努力导致洛克菲勒捐款弥补了巨额赤字，1894 年至 1903 年间，每年的赤字平均为 215,000 美元。 1898年，董事会承诺使用新的捐赠来消除赤字，而不是进一步扩大计划，但结构性赤字一直持续到哈珀就任总统后。
=== 1906–1929 ===
1906 年哈珀去世后，董事会任命政治学系主任哈里·普拉特·贾德森 (Harry Pratt Judson) 代理校长，并于 1907 年永久任命这一任命。贾德森发起了一项财政紧缩政策，这重拾了洛克菲勒对大学的信心，并在 1906 年至 1910 年间向捐赠基金提供了一系列大笔捐款，其中包括 1910 年最后一笔 1000 万美元的捐款，平衡了大学的预算。 1911年，该大学采用了拉丁文校训“Crescat scientia”； vita excolatur，翻译过来就是“让知识从越来越多的事物中增长；从而丰富人类的生活”。 …
